一.科技部设立由主管部长任组长的农业信息化科技工作领导小组，全面负责示范工程的整体工作，制定规划，研究审批实施方案和细则，协调与农业部等有关部委的关系。
科技部以高新技术产业化司信息处为依托，设立领导小组办公室，负责示范工程的日常管理工作。
二.示范区所在的省、市、地区、县设立由当地主管农业或科技的政府领导担任组长的示范工程协调领导小组，并设立办公室作为常设办事机构，全面负责应用推广的日常事务工作。各级协调领导小组办公室要根据当地的具体情况挂靠在当地科委、农业局或民族事务委员会等政府行政部门，并接受该行政部门的业务指导。挂靠行政部门要在人员配置、办公条件和经费保证等方面提供优先支持，其他相关部门还必须指定专人参加办公室工作。
三.科技部授权863计划信息领域成立示范工程技术总体组。各级示范区协调领导小组要成立相应的技术组织。各级技术组负责向领导小组提供技术发展的总体规划，制定有关技术标准和规范，组织与协调技术开发,监督审核农业信息化的技术水平。
四.科技部授权863计划信息领域成立示范工程项目监理组，负责对应用示范工程进行监督、检查和考核评估。
五.科技部授权863计划信息领域智能计算机系统主题（306主题）作为甲方，与示范区相关组织签定并履行合同。
